Remote-3DD: un nuevo método para la detección de homólogos remotos que usa propiedades fisicoquímicas

Resumen

 En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homólogos remotos, llamado remote-3DD, que combina mapas de contacto predichos y una distribución de los valores en las matrices de interacción. Los mapas de contacto predichos son una aproximación de la forma 3D de proteína que se puede obtener a partir de su estructura primaria. Por su parte, una matriz de interacción permite representar una proteína a partir de las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos que la conforman. Remote-3DD se propone como una estrategia para mejorar la exactitud del método remote-C3D en el cual se utilizan solamente mapas de contacto. La hipótesis que se plantea en este artículo es que se puede mejorar la exactitud del método remote-C3D al incorporar las distribuciones de la matriz de interacción. Los resultados de las pruebas muestran que el método remote-3DD alcanza una exactitud mayor que los métodos basados en composición y en algunos casos una exactitud comparable con los métodos basados en perfiles. Además, las pruebas permiten demostrar que el método remote-3DD, en general, presenta exactitudes mayores que el método remote-C3D cuando se utiliza la misma cantidad de modelos y tamaños de submatrices.

Autores/as

  • Oscar F. Bedoya Escuela de Ingeniería de Sistemas y Computación, Universidad del Valle. Cali, Colombia

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Publicado
2017-09-15
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Cómo citar
Bedoya, O. (2017). Remote-3DD: un nuevo método para la detección de homólogos remotos que usa propiedades fisicoquímicas. INGENIERÍA Y COMPETITIVIDAD, 19(2). https://doi.org/10.25100/iyc.v19i2.5289